经过三天的忙乱，中京城内的叛军势力基本被肃清。因传送阵被关闭，那些曾依附过安炳超的大臣逃无可逃，好些都或服毒、或上吊、或投河，自己先把自己给了断了。
凤九渊并没有放过他们的意思，诏命：所有附逆大臣一律按谋逆之罪论处，谁若求情，一并处之。
夺回了国家档案中心之后，对信鸽系统进行了紧急修复。经过两个月的瘫痪之后，覆盖凤凰界绝大多数地方的通信网络终于恢复了正常运转。
随后，凤九渊就向所有正在赶往中京道的军队下令了诏命，要他们停止前进，原地驻扎，并将所在方位报告上来，以便于统一指挥。得知古尼统帅的江南督卫府三万余兵马已经到了河阳道，暂时还没有与叛军接上火后，就命令他立即率军赶来中京接防。
王府的八大侍卫都已经外放统兵了。王长青和陆文被刺身死，凤九渊原本最看好他们二人，却没料到落得这般下场。索哈牙远在烛光防线作战，暂时是靠不上的，眼下也只有指望古尼、江大郎等人了。
收复中京后，除了逮捕逆贼之外，着手恢复朝政就是最重要的事情，好在内阁是处惊不乱，路德文才具虽然不如武定中，但在阿布都、史箴（再次入阁拜相了，继续分管军务）等人的辅佐之下，也足以撑起大局了。而在大都督府上，凤九渊下旨召索哈牙回京就任！
朝政上的事情不劳他多费心，军务上也有江怀恩和匡时衡暂时顶着，他要做的就是统领全局，争取尽早拿住安炳超。两个月的耽搁，各种事务堆积如山，首要的中了靖乱之外，就是将拖延的物资和装备赶紧发往烛光防线。别的事拖得，这事无论如何也不能再拖，要不然烛光防线就要出问题了！
都说安炳超和他的叛军主力在河阳道，至于具体位置目前还没有确定。凤九渊就派出了凤凰号对河阳和附近的几个道进行了最严密的监视，务必要在尽快找到安炳超的下落，以争取早日荡平祸乱。
几天忙下来，该杀的全都关到了北校场去，该贬的也都逐出了中京，朝廷也是为之一空。这样一来，朝廷的运转近乎陷入瘫痪，为了不使危机过渡扩大，内阁决定在咨议局、翰林院中选拔优秀的官吏提拔上来，暂时担任要职。中级职位则从低级官吏上提拔，从而实现他们几乎绝望的升迁之望。而低级职位则从吏目里选用，要选用那种才德兼备，任职经验丰富的，不能因为他们是吏目出身就予以歧视。
为此，凤九渊还专门颁下诏书，晓谕朝廷百官、天下士子和百姓，说朝廷将会继续深入人事体系的改革，以后将不拘一改地选用德才兼备之士，即便是小吏出身，也有入阁拜相的可能。与之同时，他还大封了一批功臣。诸如武定中晋爵一等公、路德文晋一等伯、阿布都晋三等伯、江怀恩晋三等侯、许庸晋二等伯、刘挺晋二等侯、匡时衡为二等伯……追赠闻越为一等侯、追赠陆文为三等侯、追赠王长青为三等侯等等。将反对他的、不服从他的或杀或贬，通通驱逐出了朝廷，剩下的就是忠于他的、服从他的和墙头草派系的，终于打造出了一个可以完全按照他旨意行事的朝廷了。
当然，这付出的代价未免太大了些，大到他都有些承受不起的地步了！毕竟经此一乱，朝廷怕是十年也难得恢复过来元气。若是能够不乱而解决所有的问题，凤九渊倒是宁愿不要这个能够不折不扣地执行他旨意的朝廷。
尽管他感觉到在今后相当长的时间内，朝廷的运作要承受极其巨大的压力，但他还是在大朝会上说：必须以最严厉的手段打击叛党，绝不能够再有半分的手软。要一查到底，不管牵扯到谁，一定要依律惩处。
大朝会结束当日，他便下旨将关押在北校场的几名首逆与其家人、亲属押赴刑场斩决，不到一个时辰，就有六百三十七颗脑袋落地。
经此祸乱，再没有人站出来为逆贼求情了，不管是出于公心还是私心，只要敢发声，保证立马马就被打成了逆贼。短短两个月的祸乱，中京死难超过三十万人，伤残更是不计其数。几乎是家家有人送命，户户有人受伤，上至公卿将相，下至普通百姓，几乎是将叛军恨透了，凤九渊的作法虽然狠厉了些，但却是大快人心，中京上下是人人叫好。再笨的人，也都不敢在这时候跳出来触霉头，送死了。
古尼率军回京之后，凤九渊立即任命他为征虏大将军，全面负责征剿叛军事宜。
相比起索哈牙，古尼不论是才具还是见识，都胜出不止一筹，唯一不及的便是忠诚和凤九渊的信任。江南、山西两道督卫府共计八万人马奉旨组建新的禁卫军，废除左右将军分领制度，由原山西督卫府节制使江文远（江大郎）担任统领一职，负责京畿治安。虽说废除了左右将军分领制度，但并不等于重新回归到此前的御林军体系，军权的统一是为了更好的管理军队，毕竟经过实践证明左右将军分领军权的制度不好，而且还有大问题。其他的制度都被保留了下来。
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