长州藩通过中国领事的居中调停，他们成功派出代表跟幕府开始谈判。
但谈判很不顺利，幕府现在形势占优，他们很想将战争进行下去，借助中国的力量，彻底消灭这些割据了多年的强藩势力。
幕府不但在领地问题上寸步不让，别说长州藩提出的，丹波、摄津等国了，他们连长州藩占有目前的十四国都不同意，只同意长州藩退回长门、周防两国，保持原本的势力，也不同意废除参觐交代制度。
见到这种情况，反倒让西南强藩团结了起来，他们团结，不是想为长州藩争取利益，他们是为了自保，如果长州藩退回了长门、周防，他们吞下的那些领地也得吐出来，而且还要担心幕府秋后算账。所以他们在结束参觐交代，得到直接觐见天皇权力的态度上，跟长州藩是一致的。
长州藩人才济济，外交人才也不缺，他们连横合纵，很快就跟趁火打劫的东北强藩达成了共同行动的盟约，东北强藩也派人来谈判，并且提出了一致的要求，结束参觐交代，大名可以自行觐见天皇。
幕府的压力顿时大了起来，而且中国领事不是一味支持他们，中国领事希望幕府能接受对方一些条件，然后让日本恢复和平。并且表示，虽然中国议会同意出兵十万，但十万軍队能否解决幕府的困境，并不能保证。一旦十万中国軍队都无法阻挡强藩联军的话，中国不可能提供新的支持。长州藩在压力之下，将自己的直属軍队已经扩大到了十万人，萨摩、熊本等西南强藩开始踊跃出兵，强藩联军的规模不断扩大，已经高达十五万人。东北强藩也开始直接出兵，在跟幕府接壤地区威慑，东北强藩人力缺乏，但兵员素质更好，他们的兵力也高达五万人，强藩的軍队总数高达二十万。幕府兵力虽多，可大多数不堪使用，如果不能进行彻底的改革，能战的就只有中国的十万援军。
领事告诉幕府，中国軍队毕竟是劳师远征，战斗力能保留多少尚未可知，一旦战败，则强藩不再畏惧中国，不管中国朝廷能否说服议会继续增兵，恐怕在新的援兵到来前，强藩就能完全攻占幕府领地。
领事还告诉幕府，他们缺的只是时间，只要时间足够，他们下决心重新打造軍队，中国提供一些支持，帮忙训练士兵，派遣军事顾问，甚至帮助幕府培养军官，很快幕府軍队就能压倒强藩，到时候幕府大可以反攻回去。
加上此时幕府境内局势十分不稳，大小诸侯心怀异志，农民、市民不断一揆，财政濒临崩溃，全靠借债度日，再不结束战争，幕府统治也得崩溃。
于是幕府不得不做出了妥协，他们接受了强藩的要求。但从长州藩手里要回了但马、播磨两国，将长州藩的领地压缩在十二国，除了旧有的长门、周防，同意石见、安云、出云、备后、备中、备前，伯耆、美作、因幡和隐岐十国并入长州藩，让长州藩一跃而成200万石高的超级大名。
其他强藩，比如萨摩、熊本、土佐等强藩的扩张也得到了承认。同时确认了以仙台为中心的伊达家族对陆奥国（陆前、中、后）的支配权，秋田藩对出羽国（羽前、后）的支配权，也确认了松前藩对虾夷国的统治权。
认可这些强藩可以自由觐见天皇的权力，允许他们自行经营本国物产、商业，西南强藩和东北强藩也可以不执行参觐交代，给出的理由是他们路途太远，但强藩们接受了向幕府象征性进贡的要求，继续保持幕府名义上的统治。
中国领事全程参与谈判，但始终不发表明确的态度，也不肯在最后的条约上签字。
条约签订之后，各方撤兵，裁减軍队，休养生息，一场内战结束，只留下了大量孤儿寡妇，兴起了一批新的军事贵族，日本依然四分五裂。
英国人再次找上们来，他们是催长州藩还钱的，但长州藩否认了他们向英国人借过钱。英国人手里有凭据，他们拿着长州藩藩臣村田清风代表长州藩跟英国签订的条约作证。结果村田清风当着英国使者的面否认，表示说钱都让他中饱私囊了，藩主毫不知情，然后对英国使者表示抱歉，为了给英国人一个交代，他当着英国人的面，切腹自杀了。吓的英国使者裤子都湿了。
长州藩耍了无赖，可英国人耍无赖耍了几百年，才刚刚绅士起来，无赖手段还没忘记，文的不行，他们可是会动武的。
然后英国派出了军舰，这次他们直接找幕府，说幕府既然是日本合法政府，就应该替地方政府偿还债务，幕府有中国做后盾，当即拒绝了这无理的要求，英国軍舰赶往长州藩的港口马关，威胁要炮击马关，攻占港口。
这时候得到消息的中国軍舰赶到，跟英国軍舰对峙了半日后，英国人退缩了。
在中国的支持下，长州藩成功的赖掉了这笔他们不可能承担得起的债务，中国之所以支持长州藩的赖账行为，目的是告诫英国，不要试图在中国周边扶持傀儡，那样连本钱都收不回来。
一场内战，虽然没有改变日本割据的面貌，反而加强了割据势力。但这场战争，不可能没有任何影响。
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