哥萨克的组织形式是军民合一的部落形式的自治体，他们建筑一种特殊的营地叫“塞契”，由土围子、堑壕、原木围墙和带有射击孔的塔楼组成，营地定期举行全体成员大会，其中以乌克兰的札波罗什哥萨克最为有名。
从17世纪起，哥萨克在草原占地从事农业生产已逐渐常规化，以自治的村社组织来耕种“什一税田地”，即十分之一用于军事哥萨克的粮饷，组成自备武装的轻骑兵(以顿河马、弯刀和长矛为主要装备)，到自己地盘以外地方抢劫，尤其是在河滩地段抢劫船队，是他们的保留节目。到了冬季商队减少就会到第聂伯河、伏尔加河等沿岸城市出售猎物或做短工。他们也常常袭击黑海沿岸的鞑靼人和土耳其人。
哥萨克的战斗天分被不断挖掘，逐渐引起了周边国家的注意。
最先是波兰人开始利用哥萨克武装人员，他们用登记造册的方式来实行掌控，未经登记的人被认为是非法的。后来俄国统治者也效法“册封哥萨克”，赐予哥萨克上层人士爵位和土地，承认其自治权力和藩属地位，基本上不干涉哥萨克的内部管理，有时出于统治策略的需要甚至增加他们的人数，把流放的犯人、政治犯和遭贬的人物，例如判处死刑的大贵族家臣等等发配到这些地区。
从16世纪开始，一百多年的时间里，俄罗斯不断地对哥萨克人进行“经济援助”。经援的范围，包括提供战斗用的武器和装备，还有大量的后勤供给，甚至连军饷也开始不吝发放。1618年起，顿河哥萨克就开始享用沙皇赐予的薪水俸禄。
17世纪在俄国南部形成一条宏大的军事防御体系，绵延数百公里，主要靠“前哨所”和“哥萨克村(塞契)”的军事力量来服役。此时的俄罗斯正是罗曼诺夫王朝，是俄罗斯有史以来最强盛的王朝，也是俄罗斯由东欧一个闭塞的小国扩展为欧洲乃至世界范围的强国，执政的正是罗曼诺夫王朝的第一代沙皇米哈伊尔.费奥多罗维奇.罗曼诺夫，做为俄国沙皇他充分利用哥萨克向东方开疆扩土。
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