梅塔莫尔加无比痛恨人类，因而道出了“臭人类，消失吧”这样的的言辞。
D机关的人来到了指挥室向众人说起了那只怪兽的来历。
“没错，那个怪兽就是一只移植了艾勃隆细胞的实验动物。如果我们的程序没有出错的话，它是不可能活这么久的。”
“难道你们没有想过会可能产生突变吗？”居间惠问道。
科研人员笑了笑，“它还有感情，这真是太离谱了。”
“为了活下去，她自己产生的进化。”掘井已经开始生气了。
“不可能的。它怎么可能自己进化呢？”
愤怒的掘井拍桌而起，“你给我听着，你们所犯的错误是不仅侵入了生命这个未知的领域，还自以为是的要改造它，这就是后果。”
“掘井队员！”队长打断了掘井，“可是队长！”
“你听我说你去协助宇宙开发局的D机关尽快找出对付怪兽的办法，没有问题吧？”
“就算这次把怪兽打倒了，人类还会犯同样的错误啊！一次又一次。”
“然而，保护这样的人类不正是我们的工作吗？”居间惠的话掘井沉默了。
在良介的帮助下，成功消灭了梅塔莫尔加，而另一边经历过生死危急的千鹤和掘井二人有情人终成眷属，很快就步入了教堂。
TPC许多人都参加了掘井的婚礼，他的好朋友良介和沙耶香也去了。
时间悄无声息地溜走，大古遇见了一个奇怪的人，跟踪那人的途中，大古回到了1965年。
宇宙第一凶暴怪兽亚那加基被大古老丈人初代奥特曼封印在龙森湖的湖底。查理迦为了解开封印来到了1965年。在经过多方面的打听之后，亚那加基被救出，大古拿出神光棒，变成迪迦和亚那加基展开搏斗。
大古一个大意，被亚那加基抓住了手臂，吸走了能量。一直在观战的圆谷英二拼命鼓励迪迦不要放弃，这股强烈的感情竟然使初代奥特曼从奥特之星中实体化，大古的老丈人前来救场。
初代把自己的能量传给迪迦，有了岳父的肯定，大古顿时来劲了，最终在姑爷和泰山的联手之下，亚那加基不敌，最后被迪迦奥特曼的哉佩利敖光线和初代奥特曼的斯派修姆光线彻底击杀。亚那加基被消灭后，查利迦逃之夭夭。
迪迦和初代的握手，意外着时代的交替，是昭和和平成的交接。
看着握手的两个奥特曼，圆谷感叹道：“我们需要一个英雄，英雄是必要的。英雄！”
不知不觉来到了大决战前夕，丽娜识破了大古的身份。
飞机上丽娜质问大古，“为什么？为什么不告诉我？难道奥特曼就有义务承担起保护地球的义务吗？大古，如果我能，我也想变成光。变成光飞得更高。”丽娜的眼里泛起泪花。
“丽娜，这不是义务，因为我是人。我只是在做我能做的事。”
“我现在不能回头，所以说你变吧！”
“你也可以变成光。你也可以。”大古掏出来神光棒，化成光粒子，迪迦把白雪号护在胸膛。
迪迦和白雪号的联合攻击下打断了佐加一边的翅膀，落在蒙古草原，佐加自己撕掉了的另一个翅膀，大古把白雪号放在地上。
战斗中佐加将空中型迪迦压制，不过，佐加很快被变成强力型的迪迦轻易打倒，最后被强力型的迪拉修姆光流击杀。
大古这一次没有飞到空中，而是化成光，来到了丽娜身边。
“大古！欢迎回来。”
“我回来了。”
丽娜扑到大古怀里，正在二人情起意浓，打算啃起来的时候，队长传来佐加袭击日本的消息。
“怎么可能！佐加明明刚才被消灭！”可是二人抬头看向天空，佐加原来不是一只。
新城掘井二人驾驶的海豚号被困在海里。
大海螺放出了自己的一众小弟马仔，魔鸟佐加开始在全球范围内开始大肆破坏。加坦杰厄释放出恐怖的黑雾，世界被黑暗所笼罩。黑雾携带的特殊电离子的扰乱，机器正常运转和阻绝电波。
TPC马上就要沦陷了，现在只能指望亚提兰蒂斯号，全员只能躲在那里避难。
吉刚不愿意离开基地，誓与基地共存亡，在泽井的呵斥下，只能放弃基地了。
至于全人类都躲在了紧急避难所里面。新城掘井还在海里，掘井二人和总部失去了联系。氧气在一点点的消耗，掘井看了一眼自己和千鹤结婚时拍下的照片，“现在还不是绝望的时候。”
沉睡的大海螺露出了海面，众人看着屏幕里的加坦杰厄，都流下了冷汗，“这s就是黑暗的支配者？”
黑雾已经慢慢渗入指挥室，“我以胜利队队长的身份下令，所有队员立刻登上亚特兰蒂斯号。”居间惠知道此刻不能再拖下去。
“明白。”
“既然在这个房间里，也只好听命令了。”吉刚做出了妥协。
在众人离开的时候，大古选择留了下来。
“大古！”看着一动不动的大古，丽娜想让大古和他们一起撤离。
“大古队员！”
“你怎么了？”就连泽井也不解，他对眼前的男人很看好，大古和自己很像。
“我要，我要留下来！”大古只给众人一个背影。
“不行！”丽娜知道大古此去可能就回不来了。
居间惠对着泽井和宗方说道：“你们先走吧！”
“可是？”
“求你了！”居间惠这个强硬的女人向泽井低下了头。
“好呢！走。”看了一眼，泽井带着宗方就离开了。
在二人离开后，居间惠轻轻走近大古身后：“当我第一次看见奥特曼的时候，我还以为我遇到了上帝。觉得他可以把人类导向正途，但事实好像不是，后来我才了解到奥特曼即是光也是人类。”
“队长！”丽娜看着居间惠。
居间惠没有理会丽娜，“所以大古队员，你没有义务去面对一个根本赢不了的敌人。你应该听懂了吧？”
大古缓缓转身，露出微笑，“根本赢不了，我听不懂。”
“是啊！从什么时候起我也变得不再相信命运了。一定要赢啊！以人类的身份。”
大古点了点头，居间惠拉着丽娜要走。“大古！”丽娜还是不愿这么离开。
“丽娜，把大家从基地救出去是你的工作。”
“没问题吧！你一定要赢啊！迪迦奥特曼！”居间惠带着丽娜走了。
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